Carl Zeiss Jena II er reserveholdet til den tyske fodboldklub Carl Zeiss Jena. Holdet spiller i Regionalliga Nordost, der er fjerdebedste niveau i tysk fodbold. Holdet har hovedsæde i byen Jena i Thüringen.

Carl Zeiss Jena II er et relativt nyt hold, da det først blev grundlagt i 2008. Holdet har dog hurtigt opnået succes og vandt Regionalliga Nordost i 2016-17 sæsonen. Holdet har også deltaget i DFB-Pokal, den tyske pokalturnering, flere gange.

Carl Zeiss Jena II spiller sine hjemmekampe på Ernst-Abbe-Sportfeld, der også er hjemmebane for førsteholdet. Stadionet har en kapacitet på 12.630 tilskuere.

Holdet har en række unge talentfulde spillere, der forsøger at bryde igennem til førsteholdet. Holdet ledes af manager René Müller.