FC Zlín U21 er reserveholdet til den tjekkiske fodboldklub FC Zlín. Holdet spiller i Moravskoslezská fotbalová liga (MSFL), som er den tredje bedste række i Tjekkiet.

FC Zlín U21 har vundet MSFL én gang, i sæsonen 2017-18. Holdet har også spillet i den tjekkiske pokalturnering, Pohár FAČR, hvor de nåede kvartfinalen i sæsonen 2018-19.

Blandt bemærkelsesværdige spillere, der har spillet for FC Zlín U21, er:

* Tomáš Poznar (tidligere tjekkisk landsholdsspiller)
* Libor Kovařík (tidligere tjekkisk landsholdsspiller)
* David Houska (tidligere tjekkisk landsholdsspiller)

FC Zlín U21 spiller sine hjemmekampe på Stadion Luční vsetínské.